Büyükanıt 30 Ağustos 2006 gününden geçerli olmak üzere Genelkurbay Başkanı oldu.
Hükümetin YAŞ kararlarını beklemeden Genelkurmay Başkanlığı tartışmalarına son vermek için kararnameyi Sezer'e erken gönderdiği öğrenildi.